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Le COVID19 pour les intelligents qui s'ignorent

Le COVID19 pour les intelligents qui s'ignorent

Tout ce que vous voulez savoir sur le covid19 sans jamais oser le demander

Publié le par M. E. DAVID
Publié dans : #Phylogénie, #genetiqueducovid19, #mutationscovid19, #genomecovid19
Image par Pete Linforth de Pixabay

Image par Pete Linforth de Pixabay

La carte d'identité génétique du covid 19

Le covid19 est un virus qui appartient à la grande famille des coronavirus qui se caractérisent par un aspect en forme de couronne quand on les observe au microscope. Bien qu'ils puissent se ressembler par leur forme, ils sont très différents les uns des autres. 

Le covid19 est un virus à ARN. C'est à dire qu'il possède son information génétique sous la forme d'un seul brin (monocaténaire) contrairement à l'ADN humain, qui lui possède deux brins complémentaires formant une double hélice, qui ressemble à une échelle hélicoïdale (cf photo de couverture).

Le génome du Covid19 est une grosse molécule basée sur l’enchaînement de 4 petites unités que l'on appelle bases ou nucléotides (les nucléotides A/U/G/C : Adénine/Uracile/Guanine/Cytosine). Le génome du covid19 possède environ 30 000 bases organisées suivant une combinaison qui lui est propre.

Pour faire simple, le génome du covid19 ressemble à un cadenas à 30 000 chiffres, avec 4 chiffres possibles pour chaque position ! Autant dire une combinaison déjà bien complexe.   

Il contient 15 gènes, à titre de comparaison le génome humain est estimé à plusieurs dizaines de milliers de gènes. Un de ces principaux gènes, le gène S est responsable de la production de la protéine "Spike", située à la surface de l'enveloppe du covid19. 

Le SRAS-CoV, coronavirus responsable de l'épidémie de SRAS de 2003, possédait, lui aussi, une protéine "Spike". Cette protéine "Spike" permet au covid19 de se fixer et de pénétrer dans les cellules cibles possédant le récepteur cellulaire "ACE2";  . Il entre donc dans les cellules de la même manière que le SRASCoV.

Les principales cellules cibles sont les cellules ciliées des voies respiratoires. Elles possèdent des cils qui permettent aux bronches d'évacuer vers l'extérieur le mucus, les bactéries et les virus qui entrent dans les bronches.    

Image par Gerd Altmann de Pixabay

Image par Gerd Altmann de Pixabay

Pourquoi ce virus mute-t-il ?

Comme tous les virus, le covid19 mute régulièrement.

Chaque fois qu'il se réplique (c'est à dire qu'il fabrique son propre clone) pour infecter les cellules, il a des chances de faire une erreur, sur une ou plusieurs de ses nombreuses bases, on parle alors de mutation.

Le covid19 n'ayant qu'un seul brin d'ARN, lorsqu'une erreur se produit pendant sa réplication, il n'a pas la possibilité de la réparer, comme peuvent le faire des cellules ayant un génome avec de l'ADN. 

Son génome va donc évoluer au cours du temps, donnant des variantes progressivement différentes. On pourrait ainsi voir apparaître à court ou moyen terme, un virus plus virulent et plus agressif pour l'homme ou bien au contraire un virus qui perd en virulence* et vient se ranger dans la catégorie des coronavirus plus bénins, ne donnant en général, qu'un gros rhume ou des symptômes grippaux.   

*virulence : capacité à se développer et à sécréter des toxines dans un organisme.

Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling. Maintained by the Nextstrain team. Enabled by data from gisaid-https://nextstrain.org/ncov/global

Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling. Maintained by the Nextstrain team. Enabled by data from gisaid-https://nextstrain.org/ncov/global

Comment suit-on l'évolution de son génome ?

Depuis le début de la pandémie, les scientifiques ont décodé son génome et suivent en direct l'évolution de ses mutations. À mesure que de nouveaux génomes apparaissent, les chercheurs les téléchargent dans une base de données en ligne (appelée GISAID).

L'arbre généalogique du covid19 est construit en établissant les liens de parentés entre les différentes variantes. Plus les séquences (l'alignement des bases dans le génome) se ressemblent et plus les variantes sont proches.

C'est la phylogénie du virus : l'étude des liens qui existent entre les différentes données génomiques et qui permettent de retracer les étapes de l'évolution des variantes depuis l’ancêtre commun "le covid19 zéro" à l'origine de l'épidémie.   

On peut ainsi suivre la diffusion géographique des différentes lignées virales et voir où se trouvent "en temps réel" certains mutants. Ces éléments permettront éventuellement aux scientifiques de retrouver le patient zéro ou le premier cluster (ensemble de personnes contaminées par le patient zéro).

Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling.Maintained by the Nextstrain team. Enabled by data from gisaid-https://nextstrain.org/ncov/global

Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling.Maintained by the Nextstrain team. Enabled by data from gisaid-https://nextstrain.org/ncov/global

Ses mutations ont-elles eu un impact sur sa virulence ?

On pensait jusqu'à présent, que les mutations qu'avait subies le virus depuis son origine, étaient sans conséquence et n'avaient pas significativement changé sa virulence, ni dans un sens, ni dans l'autre. 

Cependant certains chercheurs estiment que sa capacité de mutation a jusqu'à maintenant été largement sous-estimée

 En effet, depuis dimanche dernier, une épidémiologiste chinoise (Li Lanjuan de l'université de Zhejiang en Chine) a présenté un article en pré-publication sur MedRxiv (dans l'attente de l'approbation par ses pairs), faisant état de l'acquisition de mutations capables de modifier de manière substantielle sa pathogénicité (capacité à provoquer une maladie). Ce qui pourrait expliquer pourquoi certaines personnes pensaient que les chinois ne nous avaient pas correctement informés à propos de la pathogénicité du virus. 

Les souches les plus virulentes et qui avaient été retrouvées chez les patients de la région de Zhejiang, sont aussi celles retrouvées en Europe et à New York où il y a eu le plus de décès. Par contre dans l'état de Washington aux Etats Unis, où l'épidémie est arrivée plus tardivement les souches seraient moins virulentes. Comme l'épidémie progresse d'est en ouest, on n'a plus qu'à espérer que la virulence diminue au fur et à mesure de sa progression.   

Ces mutations pourraient expliquer, en partie, la différence de mortalité entre les différents pays touchés par la pandémie liée au covid19, bien que d'autres facteurs entrent en ligne de compte ; des facteurs liés au système de soins tels que la capacité d'accueil des hôpitaux, le nombre de lits de réanimation, les protocoles de soins, les capacités en terme de personnel soignant, le matériel médical, mais aussi des facteurs individuels tels que l'âge, les maladies associées, les prédispositions génétiques, le sexe ou bien encore le groupe sanguin...  

D'après l'épidémiologiste Li Lanjuan, il y aurait déjà 33 souches mutantes distinctes ayant des caractéristiques différentes. Une des souches produirait 270 fois plus de charge virale, que la souche classique.

Image par Gordon Johnson de Pixabay

Image par Gordon Johnson de Pixabay

Quelles sont les conséquences de ces mutations ?

Il va y avoir des conséquences directes au niveau du traitement des maladies liées au covid19. Les services de soins hospitaliers et les médecins vont devoir adapter leurs traitements en fonction des souches mutantes présentes. 

Il y aura aussi forcément des conséquences au niveau de la mise au point des vaccins qui va relever du vrai casse-tête chinois sans jeu de mots aucun. Probablement obsolète avant même d'avoir été lancé. Il faut savoir que jusqu'à présent aucun vaccin contre un coronavirus n'avait été mis au point, vraisemblablement à cause des importantes capacités de mutation que possèdent les coronavirus. Un challenge de taille auquel l'industrie pharmaceutique va devoir faire face.

Peut-être que la solution à cette pandémie consistera à renforcer nos défenses immunitaires et à utiliser des protocoles qui ont, au moins prouvé une certaine efficacité avec ce type de virus. Car le temps du développement de nouveaux médicaments efficaces contre tous les différents mutants du coronavirus n'est pas forcément compatible avec l'urgence de la gestion des malades en pleine crise de pandémie.      

Ces mutations pourraient de plus, expliquer les différences de pathogénicité qui ont été observées, ainsi que les nouvelles voies que peut prendre l'évolution de l'infection au Covid19. Cela fera l'objet de l'un de mes prochains articles.

Take care.

M. E. DAVID

#mutationcovid19 #genomecovid19 #actucovid19 #restezconfines #lecovid19pourlesintelligentsquisignorent 

Commenter cet article

E.Chautemps 21/05/2020 12:58

Merci beaucoup pour votre excellent travail, Vous faites un travail d’investigation digne d’une vraie journaliste, vous rapportez d'une manière précise et détaillée les faits tels qu’ils sont.

Virginie 28/04/2020 10:07

Merci ! Vraiment passionnant et instructif mais pas vraiment rassurant pour la suite. Au plaisir de te lire bientôt en ce qui concerne les traitements possibles et les vaccins à venir

M. E. DAVID 29/04/2020 02:37

Merci, la suite va venir, elle est en cours de préparation. Le virus qui circule en Europe est qd même assez anodin pour la plupart des personnes qui le contractent par contre pour celles qui ont des prédispositions génétiques et pour les plus fragiles , il peut effectivement être mortel, mais si l'on traître avant ça peut faire baisser drastiquement le taux de mortalité, donc gardons l'espoir.

Gérard 28/04/2020 09:07

Super intéressant

M. E. DAVID 29/04/2020 02:38

Merci

La saga du Professeur Raoult et de son protocole à base d'hydroxychloroquine

#19/05/2020

Interview du professeur Didier Raoult du 19/05/2020

Comparaison des courbes épidémiques selon les villes et les pays.

Bulletin d'information scientifique de l'IHU - Nous avons le droit d'être intelligents ! Pr Didier Raoult, Directeur de l'IHU Méditerranée Infection

https://www.youtube.com/watch?v=Sc1-JBX2y70

 

#14/05/2020

Interview du professeur Didier Raoult sur i24NEWS le 14/05/2020

Un visionnaire, une icône, un épidémiologiste de renommée mondiale qui a l'oreille des grands de ce monde mais qui a beaucoup d'ennemis.

Les meilleurs résultats de son traitement HQC + Azithromycine avec sa série.

"Les chiffres infléchissent, l'histoire est en train de vous donner raison, l'épidémie est en train de disparaître." 

Beaucoup de décideurs se sont positionnés comme s'ils étaient face à une maladie chronique, à réfléchir à la mise en place d'études pour valider quel traitement sera le plus efficace alors que la pandémie sera finie quand les résultats seront enfin disponibles.  Rôle de médecin de terrain avant tout, avec la prise en charge des malades. 

Repositionnement des molécules anciennes controversé car ne rapporte pas suffisamment à l'industrie pharmaceutique. Comment développer une molécule qui n'est plus rentable ?  

Un capital de molécules qui peuvent être utilisées comme azythromycine sur le Zika. On scie une branche de la science qui s'est développée depuis 20 ans et ce n'est pas vu de manière favorable. 

HCQ effet connu sur les autres maladies infectieuses respiratoires. 

Les média traditionnels (journaux et télévision) en conflit total avec les réseaux sociaux et youtube. Les média traditionnels identifient comme fake news des informations qui sont réelles et ils ne relayent pas plus de fausses informations que les réseaux sociaux. 

Lésions et séquelles chez les patients faiblement symptomatiques ou sans symptômes. Cela a aussi été étudié dans les deux autres épidémies de coronavirus. Il existe une discordance entre l'état clinique au départ et l'état des lésions des poumons. Risque d'évolution vers fibroses respiratoires (scanner à base dose). Il faut définir qui devrait pouvoir être diagnostiqué. Plan pour détecter les patients atteints afin de prévenir l'évolution des séquelles au niveau pulmonaire vers une fibrose. Il est possible de traiter si l'on intervient tôt.   

Pas de portage chronique du virus chez l'homme. Le virus peut circuler autour de la terre puis revenir, on pourrait peut être avoir des cas secondaires provenant d'Inde qui a eu un début d'épidémie décalé. Cette épidémie pourrait devenir saisonnière. On ne peut pas savoir.

C'est une maladie aiguë et immunisante car il y a une production d'anticorps.

"Bizarrement les gens qui vont mal ont beaucoup d'anticorps. Beaucoup plus tôt et en grande quantité. Ce serait donc pour ça que les traitements antiviraux programmés dans les dernières phases de la maladie ne seraient pas efficaces. Dans la phase finale de la maladie, le problème n'est plus lié au virus mais à la réponse immunitaire qui est très forte, violente (ndlr et disproportionnée)."  

La meilleure manière de lutter contre la transmission d'une infection respiratoire est avant tout lié au lavage des mains. Pour lui les masques sont indispensables pour le personnel soignant. C'est le lavage des mains qui prévient la maladie et protège de la contamination.

https://www.youtube.com/watch?v=yqxvhbciPQ8

#12/05/2020

Interview du professeur Didier Raoult : Quelles leçons doit-on tirer de l'épidémie ?

- Des chiffres qui confirment la fin de l'épidémie.

- Réflexions sur la gestion de la crise et des stratégies thérapeutiques.

- Epidémie avec un virus que l'on ne connaissait pas et une maladie différente de celles observées jusqu'à présent.

- Plan pour détecter les patients atteints de séquelles au niveau des poumons (fibroses).  

 

Bulletin d'information scientifique de l'IHU - Nous avons le droit d'être intelligents ! Pr Didier Raoult, Directeur de l'IHU Méditerranée Infection

https://www.youtube.com/watch?v=nGPaQsh_rVM&fbclid=IwAR2wxJ5dJ1wyMf6vQ_iCy-fG8P-YdP6T_DIBsiF4mGMeiRnG4aH7vLW98tI

 

#11/05/2020

Interview du professeur Didier Raoult par Guillaume Durand sur Radio classique dans sa matinale du 05/05/2020

https://data.radioclassique.fr/Podcasts/Invite_Politique_du_05-05-2020_08h18.mp3

 

#01/05/2020

Des médecins américains affirment que l'hydroxychloroquine, médicament controversé aux USA et mis en lumière par Trump, aide 91% des patients atteints de coronavirus en facilitant leur récupération et en améliorant leurs chances de survie. Ils soutiennent qu'il ne faudrait pas attendre les données des "essais cliniques" vu les résultats largement positifs obtenus sur 2333 patients.  dailymail.co.uk

https://www.dailymail.co.uk/health/article-8266737/Doctors-group-claims-hydroxychloroquine-helps-91-coronavirus-patients.html?ito=facebook_share_fbia-top&fbclid=IwAR3_ih6HG02YM8TZoY8GHNGwzdaVwDbFTGlOVOfvjL-x1Fq2z9eTbARz1aA

 

#30/04/2020

Ci-joint le lien pour aller voir l'excellente interview du professeur dans son intégralité. 

Des informations très pertinentes. A voir absolument. 

https://www.bfmtv.com/mediaplayer/video/didier-raoult-parle-sur-bfmtv-revoir-l-entretien-en-integralite-1243716.html

 

Articles récents

L'origine du COVID19 naturelle ou pas ? Que l'enquête commence...

Le professeur Luc Montagnier, prix Nobel de Médecine pour ses découvertes sur le virus du Sida, a lancé, il y a quelques jours un pavé dans la mare, qui a fait l'effet d'une bombe au niveau de la communauté scientifique quant à l'origine du virus et l'éventualité et l'éventualité qu'il puisse être issu d'une manipulation génétique.

Sa théorie selon laquelle il serait le produit de la manipulation d'un coronavirus auquel on aurait ajouté une séquence provenant du VIH, est venue relancer la thèse, largement relayée sur les réseaux sociaux, selon laquelle le virus aurait été créé dans un laboratoire P4 et qu'il s'en serait échappé par accident ou qu'il aurait été libéré intentionnellement. 

Image par Arek Socha de Pixabay

Dès le mois de mars nous avions eu des informations comme quoi l'origine pouvait être animale, via la chauve-souris, comme pour le SRAS CoV1. Puis le pangolin, ce petit animal en voie de disparition, dont les chinois sont friands, a, à son tour, été présenté comme un candidat potentiel. Mais l'hôte intermédiaire entre le pangolin et l'homme n'ayant pas été trouvé, les investigations se poursuivent. 

Nous allons enquêter sur ce sujet et voir comment progresse les différentes théories. Je vais vous faire une story avec une série d'articles, pour suivre, en temps réel, l'avancement des recherches et faire la lumière sur la véritable origine du covid19. 

Alors que l'enquête commence...

Take care,

M. E. DAVID

 

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